近年来，南京农业大学深化教育教学改革，把师资队伍、科教平台和教学资源转化为人才培养优势，做强一流专业，形成农业特色高水平本科人才培养体系。

学校以课程首席教授负责制为抓手，围绕专业课程群，建设优秀教学团队。国家“双一流”学科、优势学科年均开设10门以上“教授开放课程”，授课教授根据最新科研进展或生产实践要求，面向本学科或相近学科的本科生开展研究型专业教学。农学院选拔高层次人才担任首席教授，组建专业课程群，老、中、青三代教师共商教学大纲、课程内容及教学模式等，重新梳理“课程群”，适当前移学科前沿知识，构建完整的专业知识体系。

学校深化学科及专业结构调整，打破学院、学科的壁垒，完善大类招生人才培养模式，以农学院、植物保护学院为试点，建立侧重“科研体验”的本科教育模式、侧重“科研实践”的研究生教育模式和侧重“学术职业训练”的青年教师培养模式，完善一以贯之的创新人才成长链，引领青年学子顺利成长成才。同时，学校将创新创业教育理念贯穿于人才培养全过程，将各类型创新创业课程纳入人才培养方案，鼓励学生参与学科竞赛、创业实践，为本科人才培养提供更多双创资源。