2019年12月24日，教育部办公厅发布《关于公布2019年度国家级和省级一流本科专业建设点名单的通知》，认定了首批国家级一流本科专业建设点。南京医科大学临床医学、生物医学工程、儿科学、口腔医学、预防医学、药学、眼视光学、护理学共8个专业获批国家级一流本科专业建设点。

学校强化专业综合改革，人才培养能力不断提升。学校设立临床医学专业九年制本硕博一体“天元班”和基础医学、预防医学专业“国重班”，推进以器官系统为基础的整合课程体系改革，以“兴趣、引导、互动”为主要特征的人才培养模式改革和以“评价反馈、持续改进”为主要目标的多元化学生学业考核评价体系改革，构建和完善“5+3+X”本硕博一体化人才培养模式，以点带面，稳步推进全校各专业人才培养模式创新升级；推动医科与工科、理科等多学科交叉融通，前瞻性布局新兴医学或医学相关专业建设。学校深化品牌特色专业建设和专业综合改革，主动适应医学新发展、群众健康服务新需求、健康产业发展新要求，加快现有本科专业的改革升级，优化医学生的知识能力素质结构；制订实施学校专业、课程（群）负责人制度，充分发挥学院专业负责人、课程负责人在专业建设中的主体作用。

学校将以国家级一流本科专业建设为契机，进一步优化医学人才培养体系，建成以临床医学专业为核心，相关专业相互支撑、竞争发展，品牌特色鲜明的专业生态群；构建符合医学教育规律和现代教育理念的人才培养体系，促进学校医学人才培养质量的提升。